佣金结算对于灵活用工平台来说面临着诸多挑战。首先，灵活用工人员具有数量多、分散、流动性强等特点，这使得佣金的结算发放工作任务重、复杂又繁琐，需要大量的人力支持，平台要承担较高的发放成本。例如在共享经济平台中，大量自由职业者为平台提供服务，平台给他们发放佣金作为报酬，但由于人员的分散和流动性，结算发放工作难度大。
其次，目前很多灵活用工平台并不具备专业薪酬结算的人才，对于繁重的佣金结算发放工作容易抱有畏难情绪，操作起来相对效率较低，浪费人力成本。像在灵活用工平台中，结算任务重，数量多、人员分散、流动性大，佣金结算繁琐复杂易失误，需要耗费大量人力成本来完成作业。
再者，传统佣金结算模式存在缺陷。代理推广人员数量多且分散，大量的佣金结算、发放工作难度大；佣金结算到发放流程繁琐复杂，过程也很难掌握，需要大量人工参与；在结算上，容易因计算失误或漏发造成财力损失，增加企业成本支出；在发放上，无法保证到账的时效性，而且资金的到账也不能得到反馈。比如电商平台推广佣金结算中，就面临结算任务重、形式风险大、资金核算难、利润虚高等难题。
此外，灵活用工企业在给兼职人员结算佣金时，还面临着形式多、账目混乱，无场景、无法合规等问题。常见的支付宝、微信转账、甚至现金支付等私户发佣，还有公转私等方式不仅隐藏着违法的风险，而且企业自己给兼职员工发佣金易造成支出无票场景。即使由第三方支付公司代付佣金，也不能支持支付款的业务场景，佣金不能以真实的名目进行发放，会导致发佣不合规。