灵活用工平台费率受到多方面因素影响。一方面，报价模式和内部业务管理的人效会影响灵活用工业务毛利，进而影响费率。例如某企业的灵活用工业务毛利主要受这两个因素影响，提高毛利的途径主要靠内部通过技术和结构赋能提高人效，从而提高毛利。另一方面，地区政策差异也会影响费率。以安徽省为例，全省内坚持包容审慎的监管原则，使得灵活用工行业发展相对规范稳定。
通过灵活用户平台获取收入的个人，自然月内收入 10 万以内免个税。灵活用工平台给企业开 6% 的增值税专用发票，增值税为 6%，伴随增值税的附加税为增值税的 12% 即 0.72%（偏远地区可能是 10%），加上印花税跟水利基金约合千一，总共合计的税费成本是 6.81%。此外，市场竞争也会影响费率，当市场上灵活用工平台较多时，为吸引客户，平台可能会调整费率。比如有的平台贴钱给企业做服务，后期可能因亏本导致通道出现问题。企业在选择平台时，不能仅以价格为标准，还应综合考虑平台的合规性、服务质量、费用透明度及增值服务等因素。