灵活用工平台的运作通常涉及多个环节。企业若想利用灵活用工平台，首先会在平台上注册咨询，企业注册时需向平台提交资料，平台收到资料后审核企业情况，若审核通过则帮助企业注册开户。企业与灵活用工平台签订外包协议，明确双方业务承包关系，如企业通过灵活用工平台与个人签订任务外包协议，任务结束后，企业将使用平台结算系统向个人结算真实费用，个人所得税由平台征收和缴纳，并集中申报，最后向企业开具发票。
在操作流程方面，以一些平台为例，签约 / 登录环节，尚未签约的用户需先提交资料进行签约后登录；发布众包任务时，填写任务信息，企业可选择导入个人名单；充值 / 发放佣金，企业充值对应佣金金额，一键向个人批量发放佣金；申请开票，企业在平台申请发票。
此外，灵活用工平台为自由职业者提供佣金发放方案，企业业务外包服务解决个人无法给企业开票等问题，灵活用工平台帮助自由职业者代缴个人所得税等问题。其佣金结算整体服务具有 SAAS 系统支持快速结算、集中支付、批量发放，全流程线上化操作，签约当天即可发放佣金，全程信息透明安全，银行实时监控资金安全等优势。
灵活用工平台还能转变企业用工方式，企业在其官方网站上报名咨询，表达自身需求，若双方达成合作意向，企业提交资料后，平台专家团队会根据实际情况制定解决方案和风险报告，确认无误后即可正式签约。灵活用工平台利用互联网 SAAS 数字化和智能化，解决企业佣金代发报税、保险、金融等难题，实现企业、自由职业者和社会的三方共赢。