灵活用工平台的运营模式有很多种，涉及雇主、灵活用工平台和个人三个方面。根据不同的业务模式，三方也形成不同的法律关系。
常见的运营模式包括：
1.中介模式平台
在中介业务模式下，灵活用工平台作为用人单位与个人之间的桥梁，为用人单位提供寻找合适个人并代为支付报酬的服务，为个人向税务机关缴纳税费，取得税务机关出具的完税凭证和增值税发票。同时，灵活用工平台向用人单位收取一定费用，以自己的名义向用人单位出具增值税发票。用人单位获得的发票有两种，一种是税务机关为自由职业者开具的发票，另一种是灵活用工平台开具的增值税发票。
2.三方合作平台
与中介业务模式不同，一些灵活的就业平台选择直接参与雇主与个人的就业关系，最终形成三方关系。
3.委托代征平台方式
部分平台声称具有税务机关委托代征资格，可以代开普通增值税发票。同时，平台可以直接向用人单位出具增值税普通发票，并出具相应的完税凭证。