灵活用工平台存在多方面合规风险。首先，财税不合规风险较为突出。一些企业在使用灵活用工平台时，可能采用现金发放报酬的方式，这给税务检查带来很大难度。如果劳务费金额较小且收款方多为个人，现金发放或许可行，但金额较大或收款方为单位时，应采用支票或银行转账，以确保财务合规。企业以现金形式发放的工资部分需计入计提社保的基数，并按规定入账计入员工工资总额，以员工个人工资总额计算扣缴个人所得税。此外，私户转账也存在风险，容易滋生信任问题，客户可能因转账形式不规范而对企业产生不信任感。同时，私户转账还可能导致资金流水不合一，影响企业账本合规性。
其次，用工关系风险也不容忽视。一些企业为逃避缴纳员工社保和个税责任，将正式员工转变为临时用工或外聘员工，甚至诱导员工注册为个体工商户，使员工权益遭受侵害。
再者，非法市场营销风险存在于部分灵活用工平台。有些平台为发展下线、壮大业务，采用推广加盟营销的形式，收取代理商加盟费和保证金，甚至垫资运营抢占市场，一旦资金链断裂，容易产生平台跑路风险，给加盟商造成极大损失。
最后，代征个税风险也较为常见。具备委托代征资质的灵活用工平台良莠不齐，对于纳税人数量零星、业务多样的情况，很多平台无法有效监管，导致纳税人出现自行少征税款、未按期上缴税款、超越代征权限等问题。