在灵活用工平台日益普及的背景下，佣金发放环节存在多种风险，需要企业和灵活用工平台谨慎对待。
在灵活用工中，纳税主体和收入性质的界定较为复杂。例如，对于一些兼职人员或自由职业者，其收入可能被错误地归类。如果将本应属于劳务报酬所得的收入认定为经营所得，可能导致纳税不足。劳务报酬所得适用的预扣率为 20% – 40%，而经营所得适用的税率则是根据不同的应税所得额区间计算，两者的计税方式和税率差异较大。
不同地区的税务机关对于灵活用工的纳税主体和税目认定标准也可能存在差异。例如，有些地方对于个体工商户形式的灵活用工人员给予一定的税收优惠，而对于被认定为劳务关系的灵活用工人员则没有这些优惠政策。这就要求企业和平台准确把握各地的税收政策，避免因错误的纳税主体和税目认定而带来税务风险。
发票是税务合规的重要凭证。在灵活用工佣金发放过程中，可能出现发票开具不规范或缺失的情况。例如，企业如果没有从灵活用工人员或平台处获得合法有效的发票，就无法将支付的佣金作为成本在企业所得税前进行合理扣除。
一些灵活用工平台可能存在虚开发票的风险。为了获取更多利益，平台可能在没有真实业务发生的情况下开具发票，或者开具与实际业务不符的发票。这种行为一旦被税务机关查实，将面临严厉的税务处罚，包括补缴税款、滞纳金和罚款，情节严重的还可能涉及刑事责任。
当灵活用工人员的收入属于劳务报酬所得等需要企业或平台代扣代缴税款的情况时，如果企业或平台没有按照规定履行代扣代缴义务，将会承担税务风险。例如，未准确计算应代扣代缴的税款金额，或者未及时申报和缴纳代扣的税款。
对于一些跨境灵活用工情况，如企业雇佣国外的自由职业者完成任务，涉及的代扣代缴税款问题更加复杂。除了要考虑国内的税收政策，还需要遵循相关的国际税收协定和国外的税收法规，否则很容易引发税务争议。