灵活用工平台涉及的主要税种包括个人所得税和增值税。对于灵活用工人员，其收入需要按照 “劳务报酬所得” 来计算个人所得税。自然人是参考小规模纳税人标准按照 3% 的征收率征收（2021 年 12 月 31 日前暂按照 1% 的征收率征收）。此外，还需缴纳增值税附加税，以实际缴纳的增值税为计税依据计算缴纳。个人所得税的处理通常按照劳务报酬或经营所得，判断标准通常按照 “商业实质” 进行。如果是劳务报酬，属于 “综合所得” 的一项，在发放时点，有付款单位作为扣缴义务人履行代扣代缴个税义务，扣缴比例为 20%、30%、40% 三档固定税率（根据单次劳务报酬收入金额的不同），需要作为 “综合所得” 在次年参加个税汇算清缴。
如果是经营所得，个人所得税规定的一类单独的税目，是用 5 – 35% 的五级超额累进税率，采用查账征收方式下，以年度为单位汇总全部收入并减掉可扣除的成本、费用后的利润为应纳税所得额，计算缴纳个税，需要按月或按季度预缴，次年进行汇算清缴。但由于个人取得经营所得通常不具备查账征收的条件，所以可以采用核定征收的方式计算缴纳经营所得个人所得税。