灵活用工存在多方面风险。首先是涉税风险，利用灵活用工平台虚开发票的情况较为常见。一方面，用工企业发布虚假用工需求，提供虚假业务材料，与灵活用工平台合谋虚开发票。例如，用工企业无实际用工发生，却名义上聘用灵活用工人员，通过资金流转骗取或要求平台开具发票。另一方面，用工企业将正式全日制员工注册为灵活用工人员，或将企业客户注册为灵活用工人员，套用灵活用工税收优惠政策，降低税费。当前，虚开发票是灵活用工平台涉及的最主要税务问题，也是税务检查重点。
其次是用工法律风险。灵工平台经济下的用工风险主要在于 “去劳动关系化” 所引发的劳动争议。部分自由职业者作为劳动者的合法权益无法得到有效保障，可能出现工伤及无端辞退等恶性事件。在司法实践中，往往根据双方举证判断是否构成事实劳动关系。例如，在一些案例中，《灵活用工协议》被认定无效，与用工单位构成事实劳动关系；还有认定与灵工平台形成事实劳动关系的情况。
此外，还存在个人信息泄露风险。在注册成为灵活用工平台用户时，需要提供个人身份证、联系方式等敏感信息。如果平台的信息安全措施不足，这些信息可能被黑客盗取，造成个人隐私泄露和财产损失。
劳动权益保障不足也是风险之一。灵活用工平台的工作模式灵活，但平台往往将用工者视为自由职业者，不承担劳动关系，用工者在工资、社保、休假等方面可能面临保障不足的问题。
还有违规操作风险。一些灵活用工平台可能存在违规操作，例如收取高额服务费、虚构岗位等。这些行为可能损害用工者的权益，也可能对平台的声誉产生负面影响。